2016年8月10日，电子口岸企业入网联网资格审查系统顺利通过海关总署、商务部等六部委联合验收，标志着电子口岸企业入网联审流程优化工作取得实质进展。该系统拟定于9月1日上线试运行，10月1日起全面实行企业入网资格联网审查。该项工作由海关总署、商务部、税务总局、工商总局、质检总局、外汇管理局六部委共同推动，旨在贯彻落实国务院简政放权、放管结合、优化服务改革要求，配合国家统一社会信用代码改革，通过实现电子口岸联网自动审核，进一步优化电子口岸企业入网办事流程。
流程优化前，企业办理入网需提交企业法人营业执照（或企业营业执照）、报关单位登记注册证明、进出口企业资格证（或外商投资企业批准证）、税务登记证明、企业外汇核销资格证明、组织机构代码证等6项证明文件，往返各相关部门至少8次以上，手续繁琐，制卡周期长，效率低，异地办理尤其不便，负担较重。同时，制卡受理部门和六家联审单位需要人工受理、纸质盖章，各部门串行审核，效率较低。
流程优化后，企业入网实行联网资格审查，审查项减少为企业营业执照、《对外贸易经营者备案登记表》或《中华人民共和国外商投资企业批准证书》、《中华人民共和国海关报关单位注册登记证》、“贸易外汇收支企业名录”资格等4项。同时，取消纸质《中国电子口岸入网用户资格审查登记表》，企业无需到各部门现场办理审查手续，并鼓励有条件的地区提供寄送服务。通过实行联网资格审查，变“人工”为“自动”，变“串行”为“并行”，让数据多跑路，让企业少跑腿，进一步提高入网审查效率，缩短办理时间，减轻企业负担，入网流程优化效果明显。
以青岛、南京等企业入网业务量较大的关区为例，据测算，实行联网资格审查后，预计每年可为山东入网企业节省入网办理成本约216万元，可为江苏入网企业节省办理成本约853万。
